Versement CGOS arrêt maladie combien de temps : jusqu’à quand le complément est-il versé ?

Vous travaillez à l’hôpital, votre arrêt maladie se prolonge et la fiche de paie du quatrième mois fond de moitié. Le service du personnel vous parle du C.G.O.S, un collègue affirme qu’il « complète tout », un autre qu’il ne verse rien avant des semaines. Vous voulez surtout savoir combien de temps ce complément tombe, combien il représente et quand il arrive sur votre compte.

Voici les règles qui s’appliquent en 2026 aux agents de la fonction publique hospitalière : le calendrier du congé de maladie ordinaire depuis la baisse d’indemnisation de mars 2025, les taux publiés par le C.G.O.S pour 2026, un exemple chiffré sur douze mois d’arrêt et les délais de traitement relevés région par région le 22 septembre 2026.

En bref

• Durée : en congé de maladie ordinaire, le versement du C.G.O.S en arrêt maladie couvre au plus les cinq premiers mois à demi-traitement, soit en pratique du 4e au 8e mois d’arrêt.
• Déclencheur : le C.G.O.S n’intervient qu’au passage à demi-traitement, jamais pendant les trois premiers mois payés à 90 %.
• Montant : le taux publié pour 2026 va de 44 % à 46 % selon l’indice majoré, sans tenir compte de certaines primes.
• Démarche : la demande passe par le contact C.G.O.S de votre établissement, en lien avec le service de la paie.
• Délai : le 22 septembre 2026, les régions avaient traité les demandes maladie arrivées jusqu’à 4 à 27 jours plus tôt.

Combien de temps le C.G.O.S verse-t-il son complément en arrêt maladie ?

En congé de maladie ordinaire, le complément du C.G.O.S porte sur les cinq premiers mois payés à demi-traitement. Les livrets syndicaux qui détaillent la prestation l’écrivent ainsi : trois mois pris en charge par l’établissement sans intervention du C.G.O.S, puis neuf mois à demi-traitement, dont les cinq premiers seulement sont complétés. Une communication syndicale plus ancienne exprimait la même limite en jours : 150 jours décomptés sur une année glissante.

Concrètement, pour un arrêt continu, le complément couvre les mois 4, 5, 6, 7 et 8. Du 9e au 12e mois, vous restez à demi-traitement sans aide du C.G.O.S. Les arrêts peuvent être continus ou discontinus : ce sont les jours à demi-traitement réellement payés qui comptent.

La page officielle de la prestation ne publie pas ce plafond de durée en toutes lettres. Si votre situation est limite (arrêts fractionnés, reprise partielle), faites confirmer le nombre de jours restants par votre contact C.G.O.S avant de bâtir votre budget.

À partir de quand le complément du C.G.O.S commence-t-il ?

Le complément commence le jour où votre traitement passe à moitié. La prestation, appelée « Aide sociale aux agents en situation de maladie », sert à compenser en partie la perte de rémunération « au terme du droit statutaire à plein traitement », selon le site du C.G.O.S.

Pour un fonctionnaire en congé de maladie ordinaire, service-public.fr (fiche vérifiée le 1er septembre 2026) décrit le calendrier suivant : 90 % du traitement indiciaire brut pendant trois mois, puis la moitié pendant neuf mois, dans la limite d’un an sur douze mois consécutifs. Les droits se calculent jour par jour, en regardant les jours à 90 % ou à 50 % déjà accordés sur les 365 jours précédents. Chaque arrêt comporte en outre un jour de carence non rémunéré.

Le taux de 90 % date du 1er mars 2025. Avant, les trois premiers mois étaient payés à 100 %. Le C.G.O.S indique que ses instances n’ont pas prévu de compenser cette baisse de 10 % ni de modifier son intervention après cette période. Les trois premiers mois ne donnent donc droit à rien de sa part.

Les contractuels de droit public peuvent aussi en bénéficier, à condition de justifier de plus de quatre mois de présence au premier jour de l’arrêt. Leur calendrier de plein et de demi-traitement dépend de leur ancienneté, ce qui décale le point de départ du complément.

Quel montant le C.G.O.S verse-t-il pendant un arrêt maladie ?

Le C.G.O.S compense une partie de la perte selon votre indice majoré. La fiche annuelle des prestations 2026 publie trois tranches :

• indice majoré jusqu’à 380 : 46 % ;
• indice majoré de 381 à 650 : 45 % ;
• indice majoré supérieur à 650 : 44 %.

Le montant se fixe selon votre rémunération, quel que soit votre quotient familial. Le complément ne ramène pas votre paie à son niveau habituel. La foire aux questions du C.G.O.S l’explique : certaines primes, comme la prime de nuit ou de dimanche, ne sont pas prises en compte. Un agent qui travaille beaucoup de nuits ou de week-ends ressent donc une perte plus forte que ce que le taux laisse penser.

Deux points pèsent aussi sur votre budget. La prestation se déclare aux impôts : le C.G.O.S met chaque année le montant à déclarer à disposition sur l’Espace agent. Et si votre congé est requalifié plus tard en longue maladie ou en longue durée avec effet rétroactif, vous retrouvez vos droits à plein traitement et devez rembourser les sommes perçues, le plus souvent par une retenue de l’établissement sur le rappel de traitement.

Combien perd-on sur un an de congé de maladie ordinaire ?

Sur douze mois d’arrêt, la perte reste d’environ un cinquième du traitement indiciaire, même avec le C.G.O.S. Prenons un agent dont l’indice majoré se situe entre 381 et 650, avec un traitement indiciaire brut de 2 000 € par mois. Le calcul suppose que le taux de 45 % s’applique à ce traitement indiciaire brut : le C.G.O.S ne publie pas le détail de sa base de calcul.

Période d’arrêt	Payé par l’établissement	Complément C.G.O.S	Total brut par mois
Mois 1 à 3	1 800 € (90 %)	0 €	1 800 €
Mois 4 à 8	1 000 € (50 %)	900 € (45 %)	1 900 €
Mois 9 à 12	1 000 € (50 %)	0 €	1 000 €
Total sur 12 mois	14 400 €	4 500 €	18 900 €

À plein traitement, l’année aurait rapporté 24 000 € bruts. Avec le C.G.O.S, l’agent touche 18 900 €, soit une perte de 5 100 € (21,25 %). Sans le C.G.O.S, il aurait perçu 14 400 € : le complément représente donc 4 500 € sur l’année. L’indemnité de résidence et le supplément familial de traitement restent versés en entier pendant tout le congé, ils ne figurent pas dans ce calcul. Le jour de carence et les primes non retenues creusent l’écart réel.

Le mois le plus difficile est le 9e : le revenu brut passe de 1 900 € à 1 000 € d’un mois sur l’autre. C’est ce moment qu’il faut anticiper, par exemple en vérifiant si votre contrat de prévoyance prend le relais.

Que verse le C.G.O.S en longue maladie ou en longue durée ?

La prestation couvre aussi le congé de longue maladie et le congé de longue durée, avec la même logique : pas de complément tant que vous êtes à plein traitement. Pour un fonctionnaire hospitalier en congé de longue maladie, service-public.fr indique 100 % du traitement pendant un an puis 50 % les deux années suivantes, dans la limite de trois ans. Le C.G.O.S n’intervient donc qu’à partir de la deuxième année.

Les livrets syndicaux décrivent, pour la longue maladie comme pour la longue durée non imputable au service, un complément sur les cinq premiers mois à demi-traitement. Pour les contractuels, la prestation existe en maladie ordinaire et en congé de grave maladie. Ces durées étant tirées de documents syndicaux et non de la page officielle, faites-les confirmer par votre contact C.G.O.S.

Pendant un arrêt long, l’employeur peut aussi organiser un contrôle de l’arrêt maladie. Si une grossesse survient pendant la période, les règles pour enchaîner un arrêt maladie et un congé maternité modifient aussi le calendrier de paie.

Comment demander le complément et en combien de temps est-il versé ?

Vous ne faites pas la demande seul : le contact C.G.O.S de votre établissement, en relation avec le service de la paie, constitue le dossier. Il télécharge le formulaire depuis l’Espace agent, le remplit avec vous et le signe avant envoi. Votre dossier C.G.O.S annuel doit être à jour, sinon vos droits ne sont pas ouverts.

Le C.G.O.S traite les demandes par ordre d’arrivée et publie chaque semaine, pour chaque région, la date jusqu’à laquelle les dossiers sont traités. Relevé du 22 septembre 2026 pour l’aide maladie :

• Hauts-de-France, Pays de la Loire, Centre-Val de Loire : dossiers traités jusqu’au 18 septembre, soit 4 jours de retard ;
• Occitanie : 17 septembre (5 jours) ; Normandie : 16 septembre (6 jours) ;
• Nouvelle-Aquitaine et Bretagne : 15 septembre (7 jours) ;
• Provence-Alpes-Côte d’Azur et Corse : 10 septembre (12 jours) ;
• Auvergne-Rhône-Alpes : 7 septembre (15 jours) ; Grand Est : 1er septembre (21 jours) ;
• Bourgogne-Franche-Comté : 26 août (27 jours).

Ce délai court à partir de la réception par le C.G.O.S, pas à partir de votre arrêt. Il s’ajoute au temps que met l’établissement à monter le dossier. Selon la foire aux questions, les retards viennent surtout des demandes incomplètes, par exemple sans décision administrative ou sans avis du comité médical. La fiche annuelle 2026 précise aussi que le versement des prestations peut être interrompu en cours d’année selon le nombre de demandes reçues.

Questions fréquentes

Le C.G.O.S complète-t-il les trois premiers mois à 90 % ?

Non. Le C.G.O.S indique que ses instances n’ont pas prévu de compenser la baisse de 100 % à 90 % appliquée depuis le 1er mars 2025. Son aide commence au passage à demi-traitement.

Faut-il déclarer le complément du C.G.O.S aux impôts ?

Oui. Le montant à déclarer figure sur votre Espace agent et apparaît en principe sur la déclaration de revenus préremplie, qu’il faut vérifier.

Pourquoi le complément est-il inférieur à ma perte de salaire ?

Le taux varie de 44 % à 46 % selon l’indice et certaines primes, comme les primes de nuit ou de dimanche, ne sont pas prises en compte. Le demi-traitement plus le complément reste donc sous votre paie habituelle.

Un contractuel peut-il toucher la prestation maladie du C.G.O.S ?

Oui, s’il justifie de plus de quatre mois de présence au premier jour de l’arrêt. La prestation existe pour la maladie ordinaire et pour le congé de grave maladie.

Que se passe-t-il si mon congé est requalifié en longue maladie ?

Vous retrouvez rétroactivement vos droits à plein traitement et devez rembourser au C.G.O.S les sommes perçues. L’établissement retient généralement ce montant sur le rappel de traitement.

Sources

Sources consultées le 23 septembre 2026.
C.G.O.S, aide sociale aux agents en situation de maladie : cgos.info/17/notre-action-sociale/vous-et-votre-famille/solidarite/aide-sociale-aux-agents-en-situation-de-maladie,4100,4110,4200,4210,4300,4310,4410,4420,4430,4440,4800,8124.43
C.G.O.S, fiche annuelle des prestations 2026 : cgos.info/_files/fiche-annuelle-prestations/2026/7.pdf
C.G.O.S, délais de traitement par région : cgos.info/7/delais-traitement
Service-public.fr, congé de maladie du fonctionnaire : service-public.gouv.fr/particuliers/vosdroits/F490
CFDT Santé Sociaux, livret des prestations C.G.O.S 2024 : sante-sociaux.cfdt.fr/upload/sante-sociaux/docs/application/pdf/2024-02/2024_livret_cgos_bretagne_2024_version_definitive.pdf